Apakah ada bakteri pendegradasi plastik?

Di dunia modern penggunaan plastik tidak dapat dipungkiri merupakan bagian dari kehidupan sehari-hari yang ada di sekeliling kita. Material plastik yang umumnya digunakan adalah turunan dari minyak bumi, dengan seiringnya waktu terjadinya permasalahan di dalam bahan baku serta kemampuan plastik ini jika telah menjadi limbah. Polihidroksialkanoat (PHA) adalah salah satu jenis plastik biodegradabel yang termasuk dalam kelompok poliester. Beberapa mikroorganisme mempunyai kemampuan di dalam memproduksi PHA di antara, Bacillus megaterium, Alcaligenes sp, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, dan Ralstonia eutropha. Ralstonia eutropha merupakan salah satu bakteri yang dapat memproduksi bioplastik dengan kandungan PHA yang tinggi dan berpotensial untuk dikembangkan secara komersil (Byrom, 1994). R. Eutropha dapat tumbuh dan memproduksi PHA sendiri menggunakan CO2, H2, dan O2 sebagai substrat pertumbuhan. Sebuah genom metabolik yang menyusun Ralstonia eutropha strain H16 sehingga bisa menyintesis PHB. 

1 Penapisan isolat bakteri pendegradasi piren

Isolasi bakteri menggunakan teknik sublimasi. Setalah pemurnian, dilakukan seleksi berdasarkan nilai indeks pirenolitik dan persentase reduksi piren yang dianalisis menggunakan GCMS (QP2010 Plus Shimadzu).

2 Identifikasi isolat bakteri secara molekuler dengan menganalisis urutan

sekuen gen penyandi 16S rRNA

Identifikasi isolat bakteri diawali dengan mengisolasi DNA bakteri. Primer yang digunakan F8-27 5’-GAGTTTGA TCATGGCTCAG-3’ dan R1492-1513 5’-TACGGCTACCTT GTTACGACTT-3’. Amplifikasi DNA mengunakan mesin PCR Thermal cycler

3 Identifikasi gen putatif penyandi piren dioksigenase pada isolat bakteri

pendegradasi piren

Identifikasi gen putatif penyandi piren dioksigenase memerlukan primer spesifik yang didesain berdasarkan sekuen gen target pada M. vanbaalenii PYR-1 (AY365117.2). Desain primer menggunakan program Primer3 versi 0.4.0 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/). Primer disintesis melalui Sigma Aldrich dengan urutan FDiox 5’-GATGGTCGAGGTGCAAAGTT-3’dan RDiox 5’-ACTGAGCGACTGTCCAGGTT-3.’ Amplifikasi DNA menggunakan mesin PCR. Pemisahan produk PCR dengan teknik elektroforesis.

4. Konfirmasi ekspresi gen putatif penyandi piren dioksigenase pada

isolat bakteri pendegradasi piren.

Konfirmasi ekspresi gen putatif penyandi piren dioksigenase diawali dengan mengisolasi RNA total. Amplifikasi cDNA menggunakan mesin PCR dengan program RT-PCR. Pemisahan produk PCR menggunakan teknik elektroforesis.